I mål M 8673-15, M 8882-15 och M 2620-16 har Mark- och miljööverdomstolen kommit fram till att det råder osäkerhet vad gäller bedömningarna såväl kring verksamheternas påverkan på vattenförekomsterna i stort, särskilt vad gäller påverkan på den ekologiska statusen, som beträffande verksamhetens påverkan lokalt. Det kan även ifrågasättas om den teknik som ska användas – öppna kassar som inte ger möjlighet till någon uppsamling eller rening av foderrester och fekalier – utgör bästa möjliga teknik. Det är fråga om en i förhållande till andra utsläppskällor ansenlig mängd fosfor och kväve som släpps ut och tekniken medger inte någon annan metod för begränsning av utsläppet än minskad produktion. Till detta kommer att fiskodlingarna har lokaliserats till områden med ogynnsamma recipientförutsättningar. Fiskodling kan då inte tillåtas på de aktuella platserna. Tillstånd har därför endast beviljats till fortsatt verksamhet under en avvecklingstid om tre år.

I mål M 8374-15 avseende fiskodling i Storsjön har domstolen ansett att verksamheten inte kan tillåtas i den omfattning som mark- och miljödomstolens dom medgav med hänsyn till den teknik som valts (öppna kassar), osäkerheterna i bedömningen av vilken miljöpåverkan som verksamheten kan förväntas få samt lokaliseringen av verksamheten till en avgränsad del av en insjö med naturligt låga halter av näringsämnen. Med hänsyn till vad som kan prövas i målet har den tillåtna produktionen bestämts till den lägre produktion som angetts i miljöprövningsdelegationens beslut.